Polyppektomi er beheftet med komplikasjoner og i internasjonal litteratur forekommer blødning fra < 1 til 3,5% av tilfellene, mens perforasjoner oppstår fra 0,1 til 0,7 %. Mange vil oppleve høyere forekomst enn dette, og det kan reduseres med god teknikk og en forutseende holdning.