Begrepet endoskopisk kirurgi benyttes i visse sammenhenger som en fellesbetegnelse for all kirurgi som foregår via både stive og fleksible skop, inkludert kikkhullskirurgi. I denne artikkelen defineres begrepet som inngrep utført på innsiden av spiserør, mage- og tarmkanalen med fleksible skop. Den enkleste formen for endoskopisk kirurgi, fjerning av stilkede polypper med slynge, er en prosedyre som i dag utføres rutine
messig de fleste steder i Norge hvor det utføres endoskopier. Men, når man finner store, bredbasede lesjoner eller submukøse svulster, vil denne teknikken ha sine klare begrensninger og tradisjonelt har pasienten da blitt henvist til laparoskopisk eller åpen kirurgisk organreseksjon.